В состав биоценоза входит огромное число видов организмов. Виды, преобладающие над другими по численности и своей роли в сообществе, называют ломинантами. Растения-доминанты, которые определяют облик сообщества, называются элификаторами. В еловом лесу это ель, в дубраве — дуб, а во многих пустынях — солянки (кустарники). Сушествуют доминанты и среди животных: в степях и саваннах это копытные и грызуны. И дело не только в их количестве, но и в том, что они, значительно воздействуя на растительность, оказываются тем фактором, который определяет облик всего сообщества. Число видов-доминантов в каждом сообществе обычно невелико, хотя бывают и исключения. Например, в тропических лесах выделить доминанты среди деревьев практически невозможно. Чтобы было легче разбираться в запутанных связях организмов в биоценозе, его подразделяют на фитоценоз и зооценоз. Фитоценоз — часть биоценоза, представленная растительными организмами, населяющими одно местообитание. Зооценоз — часть биоценоза, объединяющая животных данного местообитания. Зооценоз неразрывно связан с фитоценозом. Поэтому изменения в одном из них влекут за собой смену всего биоценоза. Животные, несмотря на то что их биомасса может быть очень мала, играют в биоценозах безусловно важную роль регуляторов всех процессов. Растительноядные виды определяют состав фитоиенозов, способствуют или препятствуют распространению растений. В свою очередь, хищники сдерживают рост численности жертв и таким образом оказывают воздействие на растительность. Поэтому исчезновение или появление новых видов животных в биоценозе иногда может полностью изменить его облик.
Биоценоз и неживые компоненты среды (атмосфера, вода и т. п.), тесно связанные между собой потоками вещества и энергии, образуют экосистему. Примерами экосистем могут служить озеро, массив леса, участок степи, отдельный гниющий пень и даже содержимое желудка жвачных животных. Основной упор при изучении экосистем делается именно на процессы превращения вещества и энергии, а не на присутствие каких-либо организмов.