Особенно страдают от загрязнения заливы, лиманы и замкнутые внутренние моря, куда поступает много бытовых стоков. В таких морях (Балтийское, Северное, Чёрное, Азовское) всегда велик риск избыточного поступления биогенных элементов (фосфор, азот). Это приводит к резкому обогащению вод органическим веществом и сопровождается быстрым размножением одноклеточных водорослей, так как дополнительная добавка удобрений в морскую воду для них благоприятна. Но это может быть губительно для других организмов. Развитие водорослей быстро «съедает» необходимый для жизни в водной среде кислород, что часто приводит к гибели многих морских организмов. В процессе разложения органических веществ высвобождаются не только углекислота и вода, но и такие элементы, как азот и фосфор, что приводит к бурному развитию специфической флоры, вытесняющей обычные водоросли. Некоторые из этих водорослей вырабатывают ядовитые вещества, через пищевые цепи попадающие в другие морские организмы (моллюски, крабы, рыбы). В тропических и субтропических водах массовое появление таких водорослей как бы окрашивает поверхность моря в красный цвет (так называемые красные приливы). Местное население в это время не употребляет в пишу определённые виды рыб.
